Die Kinderklinik in Flensburg ist eine der größten (nicht-universitären) Kinderkliniken in Schleswig-Holstein und hat ein großes überregionales Einzugsgebiet im gesamten Norden des Bundeslandes.

Die Flensburger Kinderklinik mit dem Perinatalzentrum Level 1 betreut Patienten vom sehr unreifen Frühgeborenen bis hin zum Jugendlichen. Hier werden praktisch alle Erkrankungen des Kindesalters nach den neuesten diagnostischen und therapeutischen Erkenntnissen behandelt.  Auf eine ganzheitliche Betreuung der Patienten, insbesondere unter Einbeziehung der Eltern wird dabei großer Wert gelegt. 

Neben Früh- und Neugeborenen versorgt die Intensivstation der Flensburger Kinderklinik auch schwerkranke Kinder außerhalb der Neugeborenenperiode.  Lebensbedrohliche Erkrankungen wie Stoffwechselentgleisungen (z.B. bei Diabetes mellitus), Asthmaanfälle, schwere Infektionen und bedrohliche Verletzungen können durch die interdisziplinäre Zusammenarbeit der Kinderärzte mit Fachärzten anderer Abteilungen des DIAKO Krankenhauses optimal behandelt werden.