Die Klinik für Kinder- und Jugendmedizin mit Kindernotaufnahme, Spezialambulanzen und Tagesklinik des Universitätsklinikums Jena ist die einzige universitäre Kinderklinik in Thüringen. Die Klinik stellt eine Einrichtung der medizinischen Maximalversorgung für Kinder und Jugendliche bis zum Ende des 2. Lebensjahrzehnts dar.  

Die Pädiatrische Pneumologie/Allergologie, Mukoviszidosezentrum für Kinder und Erwachsene ist ein Zentrum für ambulante und stationäre Diagnostik und Therapie von Kindern und Jugendlichen mit Allergien und bronchopulmonalen Erkrankungen. Das Zentrum ist für die Betreuung von Kindern und Erwachsenen mit Mukoviszidose zertifiziert.